Předmět kontroly
Předmětem daňové kontroly jsou daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení.
Daňovou kontrolu lze provádět společně pro více daňových řízení týkajících se jednoho daňového subjektu. Správce daně může daňovou kontrolu zahájit i pro další daňová řízení rozšířením daňové kontroly probíhající k jinému daňovému řízení.
Správce daně předmět daňové kontroly prověřuje ve vymezeném rozsahu. Rozsah daňové kontroly lze v jejím průběhu rozšířit nebo zúžit.
Místo a způsob kontroly
Daňová kontrola se provádí u daňového subjektu nebo na místě, kde je to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější.
Podle obecných zásad správy daní - § 5 daňového řádu - správce daně šetří práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a používá při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní. Z toho vyplývá, že daňová kontrola by neměla subjekt příliš zatěžvat a probíhat v rozsahu nezbytně nutném pro dosažení cíle správy daní.
Opakovaná kontrola
Daňovou kontrolu, která se týká skutečností, které již byly v souladu s vymezeným rozsahem kontrolovány, je možné opakovat pouze tehdy, pokud
- správce daně zjistí nové skutečnosti nebo důkazy, které nemohly být bez zavinění správce daně uplatněny v původní daňové kontrole a které zakládají pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti dosud stanovené daně nebo tvrzení daňového subjektu; takto lze daňovou kontrolu opakovat pouze v rozsahu, který odpovídá nově zjištěným skutečnostem nebo důkazům, nebo
- daňový subjekt učiní úkon, kterým mění svá dosavadní tvrzení; takto lze daňovou kontrolu opakovat pouze v rozsahu, který odpovídá změně dosavadního tvrzení daňového subjektu.
Lhůty pro vyměření nebo doměření daně
V obecné rovině upravuje lhůtu pro stanovení daně § 148 daňového řádu. Zůstává zachován základní princip "3 + 0". Po uplynutí 3 let ode dne, v pro podání daňového přiznání nebo dne, v němž se stala daň splatnou.
Tzn. v březnu 2013 za předpokladu, že nebylo podáno dodatečné přiznání, popř.
Více o lhůtách v souvislosti s doměřením daně je v článku Lhůty pro stanovení daně.